庄内藩主2代酒井家次の3男。九八郎。巳斎と号す。酒井忠勝は兄。4歳のとき祖父忠次の養子となる。元和元年(1615)徳川家康、秀忠に拝謁、小姓に召出され、元和3年12月従五位下長門守に叙任、出羽国村山郡のうち4000千石を賜り、さらに同郡に4000石を加増されて、白岩領8000千石を領した。領して10年、1000余人の餓死者を出すなど苛政をしき、寛永10年(1633)農民は一揆を起こし幕府の江戸奉行所に訴えた。寛永15年判決により改易となり酒井忠勝に預けられる。忠重は兄忠勝の信任を得、庄内藩の治政にたびたび介入、幕府の寄合5000石で弟の玄蕃了次は、長門守に陥れられ、幽閉されて死んだ。さらに忠勝の世子忠当をしりぞけ、忠勝の娘に自分の長男九八郎をめあわせ後嗣にしようと企む。忠勝の妹の子で高力但馬の長男喜兵衛は忠当擁護の中心として長門守と対立。喜兵衛らは忠当の岳父にあたる閣老松平伊豆守信綱に書状を送り援助を求めた。長門守の策謀により忠勝との接触を禁じられた高力喜兵衛は江戸に上り、忠当に願書を提出し、家老職を辞退。正保3年(1646)高力喜兵衛は忠勝により追放、高力家一門やその関係者を次々追放・切腹に処した。正保4年忠勝没。長門守に荷担した毛利長兵衛が取り調べを受けその白状書によりお家乗っ取り計画が明らかにされたという。長門守は承応元年(1652)忠勝の遺言の配分金に自分の名が漏れていたのを不満とし幕府に提訴、忠当は長門守に二万両を贈り、義絶した。寛文5年(1665)息女の結婚の件で相手と論争し、日頃の行いが将軍に達したため改易。旗本の身分を失う。以後下総国市川村(現在の市川市)に隠棲したが寛文6年9月夜盗(庄内藩からの刺客とも)に襲われ横死した。(庄内人名辞典・寛政重修諸家譜など)
　墓碑銘は「光岳院殿従五位前長�я蜴迢ｾ誉宗円大居士」